Adatelemzés/adatbányászat
A TLDA kártya adatelemzési folyamata:1. AlapanalízisCélja: annak ellenőrzése, hogy a kártyák működtek-e. Minden futtatás után ellenőrizzük, hogy megtörtént-e az amplifikáció, az assay-k összességében megfelelő jelintenzitású görbét mutatnak. Ha hibás a kártya, vagy valamelyik minta nem működött azt rögtön jelezzük a partnerünknek, hogy a kísérleti tervet még időben módosítani lehessen. Minden adat birtokában elkészítjük a részletes alapanalízist. Ennek lépései:
a) „Failed assays1“. Bizonyos assay-k, bizonyos plate-eken a plate-ek együttes analízise után aberráns szignált eredményeztek. Ezeknél a dRn igen magas érték, általában 100 fölött, de ezekhez a well-ekhez Ct érték nem rendelhető. További analízis előtt a Ct adat törlése javasolt.
b) „Failed assays2“. dRn < 1 Figyelni kell azokra az assay-kre is, amelyek az átlagosnál sokkal alacsonyabb dRn értéket adtak, mégha Ct érték van is mellette. Az amplifikációs görbén ilyen esetekben látszik a gyenge amplifikáció, ami lehet, hogy pontatlan mérést eredményez.
2. NormalizálásCélja: az alapanalízis során kapott nyers Ct értékeknek a megfelelő normalizáló (housekeeping) génekkel történő normalizálása. Mivel általában előre nem ismert, hogy az adott kísérleti rendszerben mely gének tekinthetők a legideálisabbnak normalizálás céljából, ezért minimum 3-5 gén alkalmazását javasoljuk. A leggyakrabban használt normalizáló génekről az ABI honlapján tájékozódhat. A normalizáló gén kiválasztásához az Andersen et al. (2004), Cancer Research 64 5245-5250 cikkben leírt algoritmust alkalmazzuk.
3. BiostatisztikaCélja: a normalizált génexpressziós adatokból az adott kísérletben szignifikánsan eltérő gének azonosítása. Az Integrált Adatbázis Készítés részben leírt alapelvek alkalmazásával a biostatisztika elkészítése, a partnereink számára emészthető, igény szerint publikációkész formában történő elkészítése és az eredmények konzultálása. |
Elérhetőségek
|